У світі Наруто непомітно пролетіли два роки. Колишні новачки поповнили ряди досвідчених синобі в ранзі тюніну та дняв. Головні герої не сиділи на місці - кожен став учнем одного з легендарних Саннін - трьох великих ніндзя Конох. Хлопець у помаранчевому продовжив навчання у мудрого, але ексцентричного Дзірайї, поступово сходячи на новий ступінь бойової майстерності. Сакура висунулась у помічниці

Вбивця колишніх членів команди "Хранителі" так і досі не спійманий, а мотиви його не зрозумілі. А світ тим часом невблаганно наближається до ядерного армагедону.

У 1985 році вбивство супергероя, спонсорованого урядом, змушує його оголошених поза законом колег вийти з відставки. Ця подія занурює їх у розслідування таємниці, яка може перевернути їхнє особисте життя та змінити весь світ.